律法的基础上，加入中原汉法的仁政条款，明确规定：凡大军征战，非抵抗者，一律不杀；城池归降，不许焚毁房屋、劫掠百姓、侵占田地；俘虏之中，老弱妇孺、儒士、工匠，一律释放，不得为奴。
此令一出，天下震动。此前蒙古大军征战，虽有木华黎在中原约束，可其他各部依旧有屠戮之举，如今法令严明，全军将士无论贵贱，皆需遵守，违者严惩不贷。不少蒙古将领心生不满，认为此举违背草原旧俗，纷纷向成吉思汗进言，请求废除。
成吉思汗却力排众议，对诸将道：“耶律先生所言，乃是治国良策，唯有止杀安民，方能得民心、守天下，谁敢违抗，便是违抗朕的旨意，与大扎撒为敌！”大汗态度坚决，诸将再也不敢多言，蒙古大军的杀伐之气，渐渐收敛，所过之处，秋毫无犯，百姓纷纷归附。
紧接着，耶律楚材着手整顿中原赋税，设立吏治。他反对蒙古贵族将中原农田改为牧场的提议，力主保护农耕，制定合理的赋税制度，减免战乱地区百姓的赋税，鼓励农耕生产；同时，在中原各地设立州县官府，任用儒士、贤才为官，废除苛捐杂税，整肃贪官污吏，让中原百姓得以休养生息。
他还保护天下典籍，派人收集战乱中散落的儒家、佛家、道家典籍，送往漠北与中都，设立书院，让儒士讲学，结束了蒙古帝国无文治、轻文教的历史。同时，他还向成吉思汗进言，重用汉臣、契丹臣、女真臣，不分民族，唯才是举，让蒙古帝国渐渐成为兼容多民族、多文化的庞大帝国。
成吉思汗对耶律楚材愈发信任，凡事皆与他商议，无论是南征伐金，还是日后谋划西征，都会听取他的谏言，减少屠戮，安抚降民。耶律楚材也始终坚守初心，以安民济世为己任，多次冒死进谏，阻止成吉思汗的杀伐之举，救下无数百姓性命。
有一次，蒙古大军攻打河东一座小城，守军顽强抵抗，城破之后，诸将请求屠城，以儆效尤。成吉思汗已然应允，耶律楚材得知后，连夜闯入金帐，跪地叩首，苦苦劝谏：“大汗，万万不可屠城！城中百姓，皆是无辜，守军抵抗，乃是各为其主，百姓何罪？屠城只会失了民心，让天下城池皆拼死抵抗，得不偿失啊！”
成吉思汗看着跪地苦谏的耶律楚材，心中动容，最终收回成命，下令禁止屠戮，安抚城中百姓。全城百姓得知，无不感恩耶律楚材的活命之恩，中原百姓对蒙古政权的抵触，彻底消解。
耶律楚材以一介文臣，辅佐成吉思汗，改变了蒙古帝国的统治策略，让蒙古从单纯的武力
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