雷州站的船行的船只不仅吨位小，船型驳杂，船只状况差，人员素质也是鱼龙混杂：其中有许多临高海军控制海峡制海权之后的失业的小股海盗、官兵水师的逃卒。还有过去祝安过去雇佣的水勇。虽然在雷州站提供较好的报酬和海军的贸易护航体制下没闹出过乱子，却始终是一个隐患。
至于海军本身，对一支完全游离在海军指挥体系下的船队当然也有想法。在有关会议上一直提出要“加强海上船只统一管理”。
然而将广州雷州两支船队统一到海军麾下，完全归属海军控制，又会造成指挥体系过于复杂――在临高的各部门还不觉得：调用船只只要打电话到海军部，由海军部运输处排船期就可以。但是外地的部门就很不方便。
早期广州站决定组建高广船行就是因为动用船只手续繁琐。当时需要使用船只的时候要先打电报回临高，通过海军的指挥体系再发出调船手续，当中的不但环节多，浪费时间，而且运作中显得很僵化――船上的水手不受广州站的直接指挥，稍有变动就得重新发报到临高去更改命令，完全不适宜商业贸易。最后不得不授权驻外站可以自行组织运输船队。
这些因素综合起来，最终促使执委会决定改革原先的海上航运体制。正式组建航运公司。这家航运公司准备采用股份制，由元老院控股51％，余下准备向向土著、归化民进行募股。起威当然是第一个股东，他们原本在高广船行内就有股份。
新成立的航运公司将承揽所有穿越集团在广东洋面的航运业务。同时包括对越南的贸易航运。公司总部将设在香港，在临高、徐闻、琼山、广州、三亚设立航运办事处。远期还将在全海南岛各县和广东沿海地区设立航运代办处。整合原广州站、雷州站属下的船队。同时海军还将部分不适宜作战服役的船只转交给航运公司，包括当初从海家买来得五桅大船。
航运公司在运输业务上自主经营，编制上受邮政交通委员会和海军的双重领导――类似英国人的商船后备队系统。航运公司的所有人员均列入海军预备役，高级海员授海军预备役军官的军衔。每年要抽出进行一定时间进行军训和演习。
第二次反围剿战役结束之后，利用和约签订前的空档期。执委会委托海军、政治保卫总局、邮政交通委员会对雷州船行、高广船行进行了为期三个月的大规模整训。所有土著人员进行了政审和学习。对其中的不可靠人员进行了清洗：一些人转为陆地工作，少数声名狼藉有血债的抓进劳改营。剩下的人员进行了大换血：一部
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