年6月21日开始播放第二季，讲述小智一行人在合众联盟开始前，前往东合众地区参加宝可梦世界锦标赛青少年杯为开端的故事。
后来小智在合众联盟8强出局，随后在2013年1月17日开始播出第2季的新章节“Episode N”，重新诠释因3·11日本地震而未能如期播出有关的等离子队剧情。
“Episode N”结束后，在2013年4月25日播出第2季的另一新章节“杰可罗拉冒险”，故事中小智一行人离开合众地区，返回关都地区，期间经过杰可罗拉群岛，并在群岛展开冒险旅程。
立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地区，心中怀着新的理想告别了合众地区的同伴天桐和艾莉丝，在卡洛斯地区与新认识的旅行伙莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。
2015年10月29日开始播出《宝可梦 XY&Z》。
2016年8月18日放送的「卡洛斯联盟优胜 小智的巅峰决战」中，小智使用（黏美龙、音波龙、甲贺忍蛙、摔角鹰人、烈箭鹰、皮卡丘）在最后一战羁绊甲贺忍蛙VS超级喷火龙中败北，获得亚军。
在比赛之后，闪焰队对基格尔德实验并暴走结束。