小智和皮卡丘前往阿罗拉地区，获得了能够增强宝可梦能力的Z手环，剧情不在是曾经的打道馆挑战宝可梦联盟，而是一起与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标是毕业，本作的风格与前作有较大的变化，着重展现宝可梦生机勃勃的生态，情节较偏向主角们的日常生活。
最后的阿罗拉联盟对战，小智的鬃岩狼人（黄昏的样子）击败格拉吉欧的鬃岩狼人（黑夜的样子），获得阿罗拉联盟冠军。
这便是神奇宝贝。
有神奇宝贝，自然少不了数码宝贝。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。
地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水，艾美瑞肯则遇到有史以来最寒冷的冬天，脚盆则突降大雪。
年八神太一和他的六个朋友一起参加了夏令营，却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。
在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。
这些孩子被认为是数码世界的未来，他们与数码宝贝们一起要解开控制这个可怕的数码世界之谜。
当他们踏上这个伟大的征程时，因特网成了他们的战场。
进入数码世界的八神太一他们遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。随着故事的发展，渐渐地数码宝贝变得更加强大，而小朋友们也开始明白友情的重要。
拥有财富、名声、权力，这世界上的一切的男人 “海贼王”哥尔·D·罗杰，在被行刑受死之前说了一句话，让全世界的人都涌向了大海。
“想要我的宝藏吗？如果想要的话，那就到海上去找吧，我全部都放在那里。”
世界开始迎接“大海贼时代”的来临。
时值“大海贼时代”，为了寻找传说中海贼王罗杰所留下的大秘宝“ONE PIECE”，无数海贼扬起旗帜，互相争斗。
有一个梦想成为海贼王的少年叫路飞，他因误食“恶魔果实”而成为了橡皮人，在获得超人能力的同时付出了一辈子无法游泳的代价。
十年后，路飞为实现与因救他而断臂的香克斯的约定而出海，他在旅途中不断寻找志同道合的伙伴，开始了以成为海贼王为目标的冒险旅程。
要成为海贼王的男人，这一句话依旧记忆犹新。
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