间的‘金石’。它们或许不能救国于危难，但或许能助人于细微，启思于来者。如此，足矣。”
他让李素芝收起文稿，只留一册空白笔记在枕边。“还有最后一件事，”他说，“我拟将历年对中西医理异同、优劣利弊之思考，以及对中国未来医学教育、公共卫生建设之刍议，简要写下来。此事关乎民命至切，不可不存此念。”
此后数日，他时断时续地口述，由李素芝记录，形成了一篇不长却凝聚其深思的《医学刍言》。其中强调：“中医经验宏富，然缺乏系统实验与理论提炼；西医精于实证分析，然于整体调养、因地制宜或有未逮。未来中国医学，当走二者结合之路：以科学方法整理验证中医经验，同时大力普及西医公共卫生知识。医学教育，宜早设专门学校，培养兼具中西医识之人才。公共卫生，当从改良饮水、处理垃圾、普及防疫常识等基础做起，此乃政府之责，亦需民间觉悟……”
宣统元年（1909年）初春，梅花尽谢、新叶未发的某个清晨，他在睡梦中安然离世，面容平静，如同终于完成一件漫长工作的匠人。
没有隆重的丧仪，遵照他的遗愿，一切从简。陈三立从江西寄来挽诗，痛悼“斯人独憔悴，大业在金石”。吴保初在上海病榻上听闻噩耗，长久默然，最终对老仆叹道：“丁叔雅……他总算活成了自己的样子。”广州学界、医界不少人士自发前来吊唁，格致书院决定设立“惠康纪念室”，收藏其遗稿、标本。
李素芝在整理先生遗物时，发现他常用的一方端砚底下，压着一张笺条，上面是他病重前手书的两句诗：“薪尽火传知有自，光沉影在岂无痕？”笔迹虽微显颤抖，风骨犹存。
她将这张笺条小心珍藏。她知道，先生留下的，不仅仅是那些文稿与标本，更是一种在喧嚣时代中沉静求索、将个人生命融入文明传承长河的精神“火种”。这火种或许微弱，但已在一些人心中点燃，并将随着那些陆续刊印的书籍、那些捐赠给公家的资料，悄然传递给未来。
岭南的春天正不可阻挡地降临，草木葱茏，江水滔滔。书房里，墨香犹在，标本井然，仿佛主人只是暂时离开。而一种沉静的、求真务实的力量，已如无声的溪流，从这方寸之间，汇入了正在缓慢却深刻改变中的时代洪流。